試してみる。
#で始まるコメント行であれば、わざわざsendlnで送る必要ない。
読み飛ばす。読み飛ばすことで日本語の送信も防げる。
これで防げない場合、filereadlnでの読み込み時点で問題が発生していることになる。
SJISが標準の扱いになっていないWindowsでは、Tera Termの挙動が何かと怪しい。

Tera Term マクロはSJISのファイルなら正しく読み込んでくれるようだ。
filereadlnは期待通りに読み込むので、読み込んだ内容をマクロ内で解析し、Tera Termには特定の文字列を除外した形でsendlnすればよい。