いえいえ、非常に鋭い疑問だと思います。実は、開発者も少しもやもやしていた部分でした。

意図的というより、単純な blockquote 要素に出典情報を加えようとすると、汎用的に使えるのが footer 要素 くらいしかないので、単純に実装すると HTML の構造上こうなるという感じですね。

構造的に引用部分と出典表記を分離するのであれば、figure 要素と組み合わせる形になると思います（参考：引用元の表記）。

現在の形に利点があるとすれば、単純性と、ぱっと見て一つのブロックであることが分かりやすい、という所だと思います。

そのうち何らかの調整をするとは思いますが、末尾にダッシュという出典表記を引用部分と混同するかというと、すでに出典表記であることが自明な様式として定着しているとも言えるので、現時点で必要十分な実装ではあるかなと思っています。

デライトの軽量マークアップ言語「デラング」では、記号のダッシュを簡単に入力出来る「ダッシュ記法」と、ダッシュ記法を応用した「出典記法」も出来ました！

ハイフンを -- のように2つ連続で書くとエンダッシュ（–）が、--- のように3つ連続で書くとエムダッシュ（—）になります。ここまでは TeX 等で採用されている記法ですが、なんとデライトでは、---- と4つ連続で書くと倍角ダッシュ（──）が綺麗に表示出来ます。日本語では便利な倍角ダッシュですが、簡単に扱うのは意外と面倒でした。

さらに、このダッシュ記法と引用記法を組み合わせることで、引用の出典も簡単に記述出来るようになりました。

> 引用文
-- 出典

あるいは

>>
引用文
-- 出典

のように書くことで、以下のように表示されます。

吾輩は猫である。名前はまだ無い。